Tujuan Politeknik St Wilhelmus
- Menghasilkan lulusan berupa tenaga profesional yang cakap, mandiri di bidang pertanian, peternakan dan bisnis serta berdaya saing global.
- Menghasilkan produk-produk penelitian yang berkualitas untuk pengembangan pendidikan dibidang pertanian, peternakan dan bisnis untuk menjawab permasalahan-permasalahan yang bertaraf local, regional provinsi.
- Melaksanakan pengabdian pada masyarakat untuk mengamalkan IPTEKS melalui prakarsa dan peran aktif dalam membantu membangun desa tertinggal dan mengentaskan kemiskinan dengan jalan memberikan pelatihan, pendampingan, dan pelayanan jasa teknologi terapan di bidang pertanian, peternakan, dan unit-unit usaha yang ada di masyarakat.